Sources et ressources sur l'épidémie de Covid-19

Le code source du modèle épidémiologique qui a décidé du confinement de la France révèle de graves failles

La Suède selon l'Imperial College - En bleu, prédiction "Si rien n'est fait", en jaune prédiction "Avec confinement" - En rouge : la réalité.

Un ancien développeur de chez Google a analysé le code source récemment rendu public du modèle épidémiologique de l’Imperial College de Londres. Ce modèle a servi de caution scientifique au confinement du Royaume-Uni et des Etats-Unis, mais aussi de la France et de nombreux autres pays. Ce modèle annonçait 2,5 millions de morts aux Etats-Unis et « Jusqu’à 500 000 morts” en France “si l’on ne faisait rien ». C’est en se basant sur ce modèle qu’E. Macron a décidé du confinement total de la population.

Voici ce qu’a découvert l’ancien développeur de chez Google : “En raison de bogues, le code peut produire des résultats très différents avec des données en entrée identiques. L’équipe de développement [de l’Imperial College] répète que ce n’est pas important mais ce problème rend le code inutilisable à des fins scientifiques, étant donné qu’un élément fondateur de la méthode scientifique est sa capacité à reproduire les résultats obtenus.

On s’est aperçu que dans certains cas les prédictions pouvaient varier d’environ 80 000 décès après 80 jours, et ce, sans modifier les données en entrée. “L’équipe de l’Imperial College est «consciente de quelques petits non-déterminismes», mais «cela a toujours été considéré comme acceptable en raison de la nature stochastique générale du modèle». Notez la subtilité ici: l’Imperial College sait que son code contient de tels bogues, mais agit comme s’il s’agissait d’un caractère aléatoire inhérent à l’univers plutôt que comme le résultat d’une programmation d’amateur. Leur code a tellement de bogues de ce type […] qu’ils ont pris l’habitude de simplement faire la moyenne des résultats de plusieurs exécutions pour le “corriger” ” Et Apparemment, en épidémiologie, une différence de 80 000 décès est “un petit non-déterminisme”.

À noter que “Le code rendu public n’est pas le code original que Neil Ferguson* [ l’épidémiologiste en chef au Royaume-Uni, ndlr ] a utilisé pour produire son célèbre “Report 9”. Mais une version améliorée et retravaillée par notamment des développeurs de chez Microsoft qui ont tenté d’en corriger les défauts. Visiblement sans grand succès. “Le programme d’origine est constitué d’un seul fichier de 15 000 lignes sur lequel l’équipe a travaillé pendant près d’une décennie (ce qui est considéré comme une pratique de développement extrêmement mauvaise). Une demande pour obtenir le code d’origine a été faite mais a été ignorée par l’équipe [de l’Imperial College].

Et l’auteur de l’article d’ajouter : “Ils savent que leur code ne peut pas résister à un examen minutieux […] les dommages causés par plus d’une décennie de programmation amateur sont si étendus que même l’équipe de Microsoft appelée à la rescousse n’a pas été en mesure de le faire fonctionner correctement.”

“Autre point, une partie du code semble essayer de calculer R0 [ le coefficient de reproduction du virus, ndlr ] pour les «lieux». Les hôtels en sont exclus, sans aucune explication. […] Le R0 est à la fois une entrée et une sortie de ces modèles, ce qui peut conduire à des divergences rapides et à des prédictions incorrectes.”

Bien qu’elle soit consciente des graves problèmes dans son code qu’elle «n’a pas eu le temps» de résoudre, l’équipe de l’Imperial Collège continue d’ajouter de nouvelles fonctionnalités; par exemple, le modèle tente de simuler l’impact des applications de suivi des contacts numériques.”

En conclusion, l’auteur estime que “si quelqu’un avait montré le code à un ingénieur en logiciel, l’alarme aurait pu être donnée immédiatement. ”

*Mise à jour : Neil Ferguson, ou “Professor Lockdown” comme on le surnomme au Royaume-Uni obligé de démissionner. Il recevait sa maitresse chez lui en plein confinement. »

Lire l’article original:
– Code Review of Ferguson’s Model

Traduction automatique en français

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1 commentaire
  • Ce qui est fantastique, c’est quand même le tweet de Neil Ferguson du 23 Mars, en réponse aux demandes pour avoir accès au code source. Je cite :

    « J’ai écris le code (des milliers de lignes de code en C non documentées) il y a plus de 13 ans pour modéliser les épidémies de grippe… »

    Source: https://twitter.com/neil_ferguson/status/1241835454707699713

    On pensait peut-être que ces modélisations, qui ont pesé dans la balance pour déclencher un confinement mondial, étaient au moins basées sur ce qui se fait de mieux en matière de modélisations. Et bien non. En réalité, c’est juste un mec qui est allé déterrer un code source vieux de 13 ans… Pour ceux qui comme moi travaillent dans l’informatique, tout est dit.

    Enfin.

    Sinon pour ceux qui s’intéressent à ce que sont les modèles épidémiologiques, je conseille cette émission de « La méthode scientifique » :

    https://www.franceculture.fr/emissions/la-methode-scientifique/la-methode-scientifique-emission-du-mercredi-27-mai-2020

    En fait, ces modèles ne permettent pas de faire des prévisions à long terme. Ce n’est pas un secret. Pour citer l’invité Antoine Flahault :

    « C’est une erreur de penser que ces modèles permettent de prédire l’avenir. Nous nous refrenons de prédire au-delà de 8 jours […]. Jusqu’à 8 jours on ne fait pas beaucoup d’erreurs lorsqu’on laisse courrir nos modèles, au-delà beaucoup de projections s’avèrent très rapidement fausses. »

    Donc les prévisions que Neil Ferguson a faites pour la France, environ 500,000 morts à terme si on ne faisait rien, n’ont aucune valeur. On en parle juste parce que c’est sensationnel, et du coup c’est ça qui est remonté dans les médias. Mais les gens informés savent très bien que ça ne vaut rien, et je suis certain que les décideurs politiques le savent aussi.

    Du coup j’ai l’impression que cette modélisation est arrivée à point nommé pour ajouter à la panique, et pour justifier le confinement auprès du grand public. C’est un déclencheur et aussi une excuse, les décideurs peuvent ainsi prétendre agir en se basant sur des avis scientifiques.

    D’ailleurs Neil Ferguson a une longue histoire de prédictions catatrophes qui se sont avérées complètement fausses, on a l’impression qu’il est payé pour ça. De temps en temps on lui demande une prédiction catastrophe, et hop, il s’éxécute : vache folle, grippe aviaire, grippe porcine, ebola… Depuis 20 ans, il n’a pas arrêté.

    Ses prédictions se retrouvent en première page, les gens ont peur et veulent que le gouvernement fasse quelque chose, du coup le gouvernement prend des mesures, et voilà. 2009, grippe H1N1, panique, la France achète plus de 90 millions de vaccins. 2020, coronavirus, panique, la France confine ses citoyens. Est-ce qu’ils vont nous refaire le coup des vaccins cette fois ?

    Mais il ne faut pas s’y tromper. Neil Ferguson n’est pas le chef d’orchestre, donc ne perdons pas trop notre temps à parler de lui.